オリジナルのＴＶシリーズをリビルド（再構築）し、新劇場版として生まれ変わった全４部作の第２弾。本作は完全新作をベースに制作、新たなヒロインや新型エヴァンゲリオンの登場などデザインと設定が大幅に刷新され、“使徒”とEVAシリーズの戦いがさらにスケールアップした形でスペクタクルに展開していく。
第３使徒がネルフの北極施設に出現、真希波・マリ・イラストリアスの搭乗したエヴァンゲリオン仮設５号機が迎え撃つ。一方、日本では、母の墓参りを終えたシンジがミサトの車での帰途、第７使徒に遭遇、そこへエヴァンゲリオン２号機が出撃し、鮮やかに殲滅するのだった。そして、２号機の搭乗者、式波・アスカ・ラングレーはシンジたちの中学校に転入し、シンジが暮らすミサトのマンションの新たな同居人に。やがて、ネルフ本部へ直接落下を企む第８使徒が襲来。エヴァ零号機、初号機、２号機は連係して落下を食い止め、殲滅を成功させた。またこうした戦いと学園生活を通じ、これまで互いの関係に距離感のあったシンジ、レイ、アスカはそれぞれ次第に心境の変化をみせていく。ところが、続く第９、第１０使徒との戦闘で、彼らは自ずと過酷な運命を背負っていくこととなる…。
Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в одном классе. Также в NERV прибывает старый знакомый Мисато Рёдзи Кадзи, которому она не очень-то рада, и, пока ребята успешно сражаются с Ангелами, у всех складываются непростые отношения.
Under constant attack by Angels, NERV introduces two new pilots: the mysterious Makinami Mari Illustrous and the intense Asuka Langley Shikinami. Parallel to the incursion, Gendo Ikari and SEELE proceed the secret project that involves both Rei and Shinji.
